Vườn quốc gia Côn Đảo là nơi lý tưởng để tham quan, nghiên cứu các hệ sinh thái rừng nhiệt đới hải đảo và các loài động thực vật, đặc hữu quí hiếm. Nếu lựa chọn các Chương trình sinh thái, khách thăm quan sẽ được đi bộ xuyên qua những cánh rừng nguyên sinh để hít thở không khí trong lành, nghe tiếng chim rừng ca hót véo von, nhìn ngắm từng đàn bướm lượn quanh trong muôn vàn màu áo và bắt gặp nhiều loài động vật hoang dã quý hiếm. Dưới đây là một số chương trình sinh thái điển hình tại Côn Đảo.
Thị trấn Côn Đảo - mũi Cá Mập - cảng Bến Đầm - hòn Trọc
khách thăm quan sẽ đi bằng xe ô tô từ thị trấn Côn Đảo theo con đường nhựa chạy dọc theo bờ biển phía Nam và Tây Nam của đảo Côn Sơn. Lữ khách có thể quan sát được các hòn đảo ngoài khơi xa, thăm khu dịch vụ hậu cần nghề cá và cảng biển Bến Đầm. khách thăm quan cũng có thể dừng chân ngắm cảnh và tắm biển ở bãi Nhát, một bãi biển đẹp và hoang sơ nằm cạnh đỉnh núi Tình Yêu - nơi hai ngọn núi như hình dáng của đôi trai gái đang tâm tình, người con gái đang nép mình vào vai chàng trai… một khung cảnh thật yên bình và lãng mạn...
Ngoài ra còn nhiều tuyến khác, Lữ khách có thể tùy theo sở thích để chọn khám phá, như: Trung tâm Vườn – cỏ Ống – Đầm Tre; Trung tâm Vườn – Sở Rẫy – bãi Ông Đụng; trụ sở Vườn – hồ An Hải – núi Thánh Giá.
Côn Sơn - hòn Bảy Cạnh - hòn Cau
Sau khoảng 45 phút khởi hành bằng tàu, khách thăm quan sẽ đến với Hòn Bảy Cạnh. Ngoài tìm hiểu về rùa biển thì Lữ khách còn có thể chinh phục ngọn núi cao 325m để tham quan ngọn Hải Đăng được xây dựng từ năm 1884, đến nay vẫn được duy trì hoạt động với tầm bán kính là 72km, soi đường cho tàu bè khắp nơi qua lại. Đồng thời, tham quan khu rừng ngập mặn đẹp nhất trong số những rừng ngập mặn ở Côn Đảo; bơi lội xem san hô, nghỉ ngơi, thư giãn trên bãi biển dài với bờ cát trắng mịn, hoang sơ, yên tĩnh. Bãi cát Lớn tại đây chính là bãi đẻ lớn nhất của rùa biển Côn Đảo. Vào mùa rùa biển lên bãi làm tổ, từ tháng 4-11 hàng năm, khách thăm quan có thể nghỉ qua đêm tại đây để chờ xem hoạt động làm tổ và đẻ trứng của rùa biển, tham gia thả rùa con về biển sau những ngày được ấp ủ…
Rồi đến Hòn Cau, là nơi duy nhất trong số các đảo ngoài khơi trong quần đảo Côn Sơn có nguồn nước ngọt quanh năm và có nhiều loài cây ăn quả. Đến đây, chắc chắn bạn sẽ thích nếm thử một quả dừa tươi tinh khiết, ngọt lịm của hòn đảo này. Đến với hòn Cau, Lữ khách có thể tìm hiểu nhiều hệ sinh thái kỳ thú và tận hưởng phong cảnh đẹp hoang sơ và một môi trường trong lành. Bơi lội với ống thở để xem sự đa dạng của các rạn san hô, bách bộ tham quan rừng cây ăn quả và rừng mưa nhiệt đới để được thấy nhiều loài động vật hoang dã như kỳ đà, tắc kè, dơi quạ và một số loài chim quý hiếm, thấy một số loài cây đặc hữu của Côn Đảo, quan sát các nhân viên Kiểm lâm thu hoạch tổ chim Yến…
Vòng quanh đảo Côn Sơn - hòn Tre Lớn
Canô xuất phát từ cầu tàu chương trình sẽ đưa khách thăm quan hướng về phía Đông Bắc của đảo Côn Sơn, vòng qua phía bên kia của đảo, ghé tham quan hòn Tre Lớn, sau đó, tiếp tục lộ trình về phía Đông Nam. Trên suốt chuyến đi, Lữ khách sẽ được ngắm nhìn cảnh đẹp của vịnh Côn Sơn, mũi Lò Vôi, bãi biển Đất Dốc, mũi Chim Chim, vịnh Đông Bắc, vịnh Đầm Tre, ngang qua bãi Ông Đụng, hòn Tre Nhỏ…
Sau hơn một giờ đồng hồ, khách thăm quan sẽ tạm dừng chân tại hòn Tre Lớn. Bãi cát trắng phau trước trạm Kiểm lâm hòn Tre Lớn cũng là một trong những bãi đẻ lớn của rùa biển. Tại đây, Lữ khách sẽ được giới thiệu về công tác bảo tồn và những điều thú vị về loài sinh vật biển hiền lành và quý hiếm này. San hô ở đây cũng là một trong những rạng san hô đẹp nhất trong vùng biển Côn Đảo. Ngoài ra, khách thăm quan còn có thể nhìn thấy nhiều loài sinh vật biển khác như ốc Đá, trai Tai Tượng với rất nhiều màu sắc lấp lánh dưới làn nước trong xanh… Tiếp tục với lộ trình vòng quanh đảo chính, Lữ khách sẽ được tham quan cảnh đẹp của vịnh Bến Đầm, hòn Trọc, cảng biển Bến Đầm, khu công nghiệp Bến Đầm, hòn Bà, hòn Vung và mũi Cá Mập…